Pour en savoir plus sur les travaux réalisés en 2023 – 2025

massif alpin - 2021/2027

La période 2023-2025 a marqué le lancement de la mise en œuvre technique du projet SI-ALP. Les principales réalisations incluent :

Stratégie : concertation sur la stratégie d’évolution de GeoNature.

Installation de GeoNature (GN) : installation et paramétrage de l’instance du CBNA alimentée par plus de 9 millions d’observations.

Cahier des charges : réalisation d’enquêtes et lancement du groupe de travail sur les relevés floristiques et phytosociologiques, aboutissant à un premier cahier des charges pour l’évolution des fonctionnalités de GN.

Développements et support : démarrage des nouveaux modules (Phyto, Ex-situ) et amélioration des modules existants (Bilan stationnel, Suivi Flore territoire), ainsi qu’un accompagnement technique pour l’installation de GN auprès de deux structures partenaires.

SINP : analyse des standards de données et remontée des informations et proposition d’évolution au SINP.

Action 1 : Élaboration de la stratégie du CBNA pour l’évolution de GeoNature et sa diffusion aux structures partenaires

Organisation de réunions d’échanges avec le parc national des Ecrins, la communauté GeoNature sur le comment faire évoluer GeoNature. Rédaction d’un document sur cette thématique.

Concernant les attentes de structures partenaires vis-à-vis du CBNA et de la thématique gestion des données flore et habitats,il a été décidé de réaliser une enquête pour connaître les besoins des structures, ensuite le CBNA décidera de la stratégie à mettre en place en fonction des réponses. 

Lancement en janvier 2024 de l’enquête auprès des partenaires. Cette enquête concerne l’action 1 (question 4) et l’action 3.4.2 pour les autres questions. Les résultats de cette enquête sont disponibles à cette url : http://www.cbn-alpin-biblio.fr/GED_CBNA/137234695541/BB_51885.pdf

Réunion d’échanges le 11/03/2025 sur les résultats de la question 4 de l’enquête externe diffusée en 2024 concernant les attentes des partenaires vis à vis du CBNA dans le cadre de la gestion des données flore et habitats.

Deux propositions sont ressorties comme très prioritaires : 

  • La centralisation des besoins d’évolution de GeoNature pour les données flore et habitats : poursuite par le CBNA de l’animation commencée avec le GT Relevés floristiques – relevés phytosociologiques,
  • L’appui à la mise en place de flux de données entre instances de GeoNature : attente importante des partenaires pour la mise en place de flux de transferts de données vers le CBNA. Problématique de la mise en place de flux à double sens (contraintes de conflits, mises à jour différentielles).

La synthèse complète de ces échanges et les propositions du CBNA seront intégrées dans le document en cours de rédaction.

Action 2 : Définition de l’architecture du Système d’Information (SI) du CBNA

Réalisation des schémas du système d’information du CBNA : 

Infrastructure informatique : 

Bases de données et flux de données : 

Action 3 : Rédaction du cahier des charges listant et priorisant les évolutions à réaliser sur GeoNature

3.1 Définition des protocoles de collecte de données flore et habitats

Élaboration de la fiche standardisée de description des protocoles. Cette fiche est compatible avec le catalogue CAMPanule (CAtalogue de Méthodes et Protocoles) mis en place au niveau national.

Parallèlement à la réalisation de la fiche de description, il a été demandé aux personnels du CBNA de lister les protocoles de collecte de données utilisés actuellement, à mettre en place. 

Rédaction des fiches de protocoles : 

  • Flore Sentinelle :
    • Bilan stationnel
    • Suivi flore station
    • Suivi flore territoire
  • Inventaire :
    • Relevé exhaustif géographique
    • Relevé exhaustif habitat
    • Relevé partiel habitat
    • Relevé partiel simple
    • Relevé phytosociologique, bryosociologique, lichénosociologique
    • Pointage habitat
  • Restauration
    • Suivi paysager
    • Observation des pollinisateurs
    • Litter bag
    • Champignons mycorhiziens à arbuscules – test MPN
    • Analyses physico-chimiques
    • Test beerkan – perméabilité du sol
    • Recouvrement par suivi photo
    • Recouvrement – suivi par quadrats
    • Recouvrement – groupes taxonomiques de végétation
    • Espèces végétales exotiques envahissantes
    • Nématofaune
    • Sachets de thé
    • Test bêche vers de terre
    • Mesure du ph du sol (ph eau)
    • Description du profil de sol
    • Relevé phytosociologique
    • Communautés – reprise des espèces semées
    • Communautés – inventaire de la flore vasculaire
    • Communautés – inventaire complet de la végétation
  • Conservation :
    • Suivi local Caricion
    • Suivi transplantations
    • Récolte de matériel végétal
  • Sylvalp :
    • Suivi de la biodiversité végétale au sein de forêts à enjeux du massif des Alpes
    • Etude de la niche écologique d’espèces forestières patrimoniales (prospection bryophytes)
    • Etude de la niche écologique d’espèces forestières patrimoniales (suivi bryophytes)
    • Etude de la niche écologique d’espèces forestières patrimoniales (lichens)
    • Etude de la niche écologique d’espèces forestières patrimoniales (trachéophytes)

3.2 Installation de GeoNature au CBNA

3.2.1 Installation de GeoNature

La version 2.13.3 de GeoNature, dernière version disponible au moment de l’installation, a été mise en place sur un serveur dédié à l’hébergement des outils métiers du CBNA. Il est accessible à l’adresse : https://geonature.cbn-alpin.fr/ .

Plusieurs autres outils utilisés conjointement avec GeoNature ont également été installés. TaxHub et UsersHub ont été déployés afin de gérer respectivement la taxonomie et les comptes utilisateurs. Quant à l’Atlas qui fournit une synthèse des informations par commune et taxon, l’objectif était d’estimer sa pertinence dans le cadre du fonctionnement du CBNA.

Enfin, les éléments nécessaires à l’utilisation de l’application OccTax Mobile utilisable sur les smartphones Androïd ont été mis en place.

3.2.2 Paramétrage de GeoNature

L’ensemble des outils installés dans le cadre de GeoNature ont été paramétrés de façon à gérer au mieux l’affichage et la recherche d’information dans une base hébergeant plus de 9 millions d’observations réparties sur 7 départements à cheval sur 2 régions.

Certains paramètres, comme la taille des mailles du rendu cartographique dans l’Atlas, ont été définis avec la valeur qui semblait la plus adaptée à notre cadre d’utilisation. Mais  ils pourront être modifiés à l’avenir en fonction des retours des utilisateurs.

Nous avons également commencé à définir les différents types d’utilisateurs amenés à utiliser les outils de la suite logiciel GeoNature. Pour cela, nous avons comparé le fonctionnement actuel dans Simethis avec celui qu’il pourrait être dans GeoNature. Cela nous a permis de définir 7 types d’utilisateurs que nous avons transposé en 6 groupes (fusion des utilisateurs root et administrateur) permissions distinctes dans GeoNature (administrateurs, agents, gestionnaire de données, observateurs, partenaires et validateurs). 

3.2.3 Réflexion sur l’organisation et la gestion des données

Le changement d’outil de gestion des données implique de changer les modalités de gestion de celles-ci. 

Les métadonnées (cadres d’acquisition (CA) et jeux de données (JDD) devront être saisies avant intégration des données ; en effet toute observation intégrée (par saisie ou import) doit être rattachée à un JDD. Cette évolution va dans le sens des préconisations formulées dans le cadre du SINP.

Les données d’inventaires (occurrence de taxon, relevé floristique et phytosociologique) issues des agents du CBNA, des botanistes du réseau CBNA, de la bibliographie et des herbiers seront saisies dans le module OccTax et directement intégrées à la synthèse. 

Les données d’inventaire transmises par les partenaires seront intégrées dans le module  Synthese via le module Import ou par la mise en place de flux de données.

Les données de suivi sont saisies dans les modules Flore sentinelle ou dans le module Monitoring. Elles seront ensuite intégrées dans la Synthese.

Le module de validation va permettre d’attribuer une qualification à chaque nouvelle observation à partir de l’analyse de différents critères (altitude, proximité avec les observations déjà validées, …).

Le module Synthese va permettre de consulter, de requêter et de télécharger les données.

Le module Export va permettre de préparer des exports spécifiques pour transfert de données notamment vers les SINP.

Cette organisation sera éventuellement appelée à évoluer suite aux retours des enquêtes internes et externes (action 3.4).

3.2.4 Mise en place d’un processus de migration des données flore et habitats de Simethis vers GeoNature

Afin de pouvoir tester les différents modules de l’application GeoNature, il est nécessaire de disposer de toutes les données flore et habitats produites par le CBNA et ses partenaires sur son territoire d’agrément. Pour récupérer ces données, un flux de données a été créé à partir de scripts qui avaient déjà été mis en place dans le cadre de l’intégration des données sur les plateformes SINP régionales qui s’appuient sur l’outil GeoNature. Ces scripts permettent à l’origine d’intégrer des données dans le module Synthese. L’objectif est de pouvoir intégrer des données dans d’autres modules de GeoNature, tels qu’OccTax et OccHab. Le travail de complétion de ces scripts est en cours. Des scripts permettant d’extraire les données de la base Simethis ont été créés dans un dépôt dédié.

La migration des données de la base Simethis à la base GeoNature s’opère en plusieurs étapes : 

  1. Un export de la base Simethis contenant les données du CBNA est généré toutes les nuits et est stocké sur un serveur SFTP.
  2. Un script permet de récupérer cet export et de recréer la base en local sous PostgreSQL.
  3. Un script permet d’extraire les données au format CSV.
  4. Un script permet d’intégrer ces données dans la base GeoNature.
  5. Un dernier script permet de stocker les modifications faites par rapport aux standards SINP.

Finalement, ce sont plus de 9 000 000 d’observations qui ont été intégrées dans GeoNature grâce à ces scripts.

Mise en place d’un script d’intégration des données directement dans les modules Occtax (données CBNA) et Synthese (données CBNA + partenaires). Ce script sera utilisé pour le transfert des données de Gentiana de InflorIs vers GeoNature dans le cadre de l’action 5.1, par le CBNA, pour le transfert de certaines données dans Occtax et sera mis à disposition de structures souhaitant effectuer ce type de transfert

3.2.5 Présentation de GeoNature à l’équipe CBNA et réalisation de tests

  • Présentation générale de GeoNature (GN) : l’organisation, les différents modules
  • Proposition d’ organisation et de gestion des données floristiques dans GN
  • Présentation des fonctionnalités existantes dans GN avec les données CBNA
  • Organisation de l’enquête externe qui sera réalisée début 2024
  • Lancement des tests de GN pour l’équipe réalisés fin 2023, début 2024

Réalisation des tests sur GeoNature par l’équipe CBNA en prévision de l’enquête interne (action 3.4.3). Les personnels du CBNA ont pu tester les modules suivants : 

  • Occtax : saisie d’occurrence de taxons
  • Validation : qualification des données d’occurrences de taxons
  • Synthese : consultation et téléchargement des données d’occurrences de taxon
  • Occhab : saisie et consultation d’occurrences habitats
  • Export : mise en place d’exports spécifiques
  • Import : import de données d’occurrences de taxons dans la Synthese
  • Métadonnées : saisie, gestion, consultation de métadonnées
  • Userhub : gestion des utilisateurs, observateurs et des organismes
  • Taxhub : référentiel taxonomique
  • Dashboard : outil synthèse graphique des données
  • Admin : module d’administration de GeoNature

3.3 Suivi des évolutions des standards SINP et de leur implémentation dans GeoNature

Dans le cadre de cette action, il était prévu de suivre les évolutions des standards SINP et leur implémentation dans GeoNature afin d’adapter le travail réalisé dans le cadre de SI-ALP. Les standards intégrants les informations d’ajout, de modification, de suppression de concepts, d’attributs, de nomenclatures et de référentiels, il a été jugé plus utile de réaliser une comparaison entre les dernières versions des standards SINP et GeoNature (GN) sur la base de la présence des concepts, attributs et nomenclatures dans GN.

Le document rédigé dans le cadre de cette action est disponible à l’url suivante : http://www.cbn-alpin-biblio.fr/GED_CBNA/136000295428/BB_40946.pdf

Une réunion d’échanges le 28/11/2025 CBNA, PN Ecrins, PN Cévennes, PatriNat sur l’intégration des standards SINP dans GeoNature : 

  • PatriNat : travaux sur la mise à jour des trois modules principaux de GeoNature (Occhab, Occtax et Métadonnées)
  • CBNA : implémentation des concepts liés aux relevés phytosociologiques commencée en 2025 et poursuivie en 2026.

3.4 Réalisation des enquêtes sur les évolutions attendues sur GeoNature

3.4.1 Préparation des formulaires pour les enquêtes internes et externes.

Élaboration du formulaire pour l’enquête externe.

Pour l’enquête interne , il a été décidé, pour plus d’efficacité, de réaliser des ateliers techniques par module de GeoNature. Un formulaire a été préparé et sera utilisé par les personnels du CBNA pour y faire des propositions d’évolution et lors des ateliers par les animateurs.

3.4.2 Réalisation d’une enquête auprès des structures partenaires du CBNA pour connaître leurs besoins d’évolution de GeoNature en termes d’ergonomie, d’informations à gérer, de fonctionnalités

L’enquête en ligne ouverte du 9 au 31 janvier 2024 a été diffusée à plus de 80 destinataires issus de 65 organismes (associations,  bureaux d’études, collectivités territoriales, établissement public, parc national, parc naturel régional, réserve naturelle, plateforme SINP régionale, syndicat mixte). Les résultats de l’enquête externe sont disponibles à l’url : http://www.cbn-alpin-biblio.fr/GED_CBNA/137234695541/BB_51885.pdf

Le groupe de travail relevés floristiques et phytosociologiques lancé suite aux rencontres nationales GeoNature 2024 (voir action 7.2) a commencé ses travaux à partir du mois d’octobre 2024. Les travaux ont porté sur l’évolution de l’architecture de la base de données et des fonctionnalités de saisie, de consultation et de téléchargement pour la gestion des relevés floristiques et phytosociologiques.

3.4.3 Réalisation d’une enquête auprès des personnels du CBNA pour connaître leurs besoins d’évolution de GeoNature en termes d’ergonomie, d’informations à gérer, de fonctionnalités.

L’enquête interne à été organisée en ateliers techniques qui se sont déroulés du 29 janvier 2024 au 15 février 2024. Au total ce sont 13 ateliers qui ont été organisés sur les thématiques suivantes : 

  • Métadonnées
  • Import données
  • Export de données
  • Saisie données floristiques 
  • Validation données floristiques
  • Consultation données floristiques
  • Saisie données habitat
  • Validation données habitats
  • Consultation données habitats
  • Référentiels
  • Gestion des données
  • Atlas
  • Dashboard

Ces ateliers ont permis de collecter les besoins des personnels du CBNA concernant la gestion des données flore et habitats dans les thématiques traitées.

3.5 Rédaction du cahier des charges des évolutions des modules de gestion des données flore et habitats

3.5.1 Analyse des résultats des deux enquêtes réalisées en action 3.4

Compilation des besoins exprimés lors des enquêtes externe et interne concernant la gestion des relevés floristiques et phytosociologiques. Ces propositions ont été présentées lors de sessions d’échange du GT Relevés floristiques – relevés phytosociologiques.

3.5.2 Rédaction du cahier des charges pour l’évolution de GeoNature.

Rédaction du cahier des charges pour l’évolution de GeoNature pour la gestion des relevés floristiques et phytosociologiques. Diffusion de ce document auprès de la communauté GeoNature, des partenaires.

Le document est disponible à l’url suivante : http://www.cbn-alpin-biblio.fr/GED_CBNA/135654695383/BB_49848.pdf

Action 4 : Réalisation des développements informatiques

4.1 Gestion des observations floristiques et des relevés floristiques

4.1.1 Réalisation des développements visant à améliorer les fonctionnalités existantes et les nouvelles fonctionnalités

Rédaction des stories (tâches de développement) et début des développements du module Phyto pour la gestion des relevés phytosociologiques dans GeoNature : 

  • Implémentation du tableau de saisie des strates de végétation dans la partie Relevé :
  • La liste des strates de végétation affichée est paramétrable depuis la base de données, via le champ “ref_nomenclatures.t_nomenclatures.active”.
  • Les développements pour la partie Taxon ont commencé, l’idée est d’implémenter dans un premier temps un tableau de saisie des codes abondance-dominance pour chaque taxon pour chaque strate de végétation renseignée dans la partie Relevé. Plus d’informations pourront être ajoutées à ce tableau dans un second temps.

4.3 Gestion des données de suivi flore

4.3.2 Réalisation des développements pour l’amélioration des modules existant et la mise en place du module “Suivi station espèce”

Réalisation de développements visant à améliorer les modules existants : 

  • Modules Bilan stationnel, Suivi flore territoire, Stratégie conservation :
    • Montée en version (GeoNature 2.14.2)
    • Correction et uniformisation du fonctionnement interne
  • Bilan stationnel (BS) : mise en place d’un export distinct des zones de prospection (ZP) et des aires de présence (AP)
  • Suivi Flore Territoire (SFT) : ajout de la gestion des visites sur plusieurs années
  • Mise en place de ODK pour Bilan stationnel permettant l’utilisation de formulaires embarqués sur smartphone ou tablette pour la saisie des données sur le terrain et l’alimentation de la base de données :
    • Développement ODK pour Bilan stationnel
    • Installation de ODK central et initialisation de la connexion à GeoNature
    • Déploiement de l’application mobile Bilan stationnel fonctionnant sous ODK Collect. 
    • Création d’un document à l’attention des utilisateurs pour l’installation et l’utilisation de cette application mobile.

4.4 Gestion des données de conservation ex-situ

Cette action a fait l’objet de deux stages : 

  • du 12 novembre 2024 au 13 mai 2025 pour travailler au développement des modules “Récolte de matériel végétal” et “Semences”.
  • du 24 février 2025 au 22 août 2025 pour travailler au développement des modules “Tests de germination, viabilité”, “Semis”.

4.4.1 Rédaction du cahier de charges pour le développement du module ex-situ

Echanges sur la gestion des récoltes de matériel végétal et des semences : 

  • Informations collectées
  • Besoins concernant les interfaces et les fonctionnalités

Élaboration en concertation avec l’équipe ex-situ du modèle de données.

Élaboration par l’équipe ex-situ des nomenclatures qui seront utilisées dans les menus déroulant des interfaces.

4.4.2 Réalisation des développements

Développement des interfaces de saisie pour : 

  • Récolte,
  • Matériels récoltés,
  • Semence,
  • Stockage,
  • Tests de germinations,
  • Test de viabilité,
  • Semis.

Page d’accueil

Formulaire de saisie récolte

Liste de matériel récolté

Formulaire de saisie de matériel de récolte

Formulaire de saisie de description de semences

Page de détails d’une semence

Data tables des actions sur les lieux de stockage

Formulaire de saisie d’une action

Formulaire de saisie d’un test de germination

Formulaire de saisie d’un test de viabilité

Formulaire de saisie d’un semis

4.4.3 Test et suivi des développements réalisés, information de l’équipe, retours utilisateurs

Réalisations des tests des interfaces développées par l’équipe ex-situ, remontée des problèmes rencontrés, des modifications à effectuer auprès de développeurs pour correction.

4.5 Gestion système

4.5.1 Mise à jour de GeoNature et de ses modules

Le travail de mise à jour a été réalisé en 3 étapes : 

  • Phase préparatoire : préparation de l’environnement technique nécessaire à la mise à jour de GeoNature, incluant la mise en place et la configuration des environnements serveurs, les vérifications préalables, les tests et la sécurisation de l’existant avant intervention.
  • Montée en version de GeoNature (serveur SIFlora) : réalisation de la montée en version de l’application GeoNature sur le serveur SIFlora vers la version la plus récente disponible à la période considérée (2.15.4). Cette phase a inclus les opérations de mise à jour applicative, les ajustements nécessaires à l’environnement existant, ainsi que les vérifications fonctionnelles et techniques post-migration.
  • Mise à jour et intégration du module Ex-Situ : mise à jour du module Ex-Situ afin d’assurer sa compatibilité et son intégration avec la version mise à jour de GeoNature. Cette phase a compris les opérations d’intégration, les tests de fonctionnement et les validations nécessaires au bon fonctionnement du module dans l’environnement applicatif cible.

Action 5 : Déploiement de GeoNature auprès de structures partenaires

5.1 Appui à l’installation de GeoNature pour l’Association GENTIANA

Installation de la version 2.14.2 de GeoNature avec les versions de TaxHub et de UserHub adaptés sur le serveur de Gentiana.

Mise en place d’un dépôt Github stockant les fichiers de configuration et tous les fichiers ressources pour l’installation de GeoNature.

Appui à la préparation des données Infloris pour intégration dans GeoNature.

Appui auprès du CEN PACA en donnant accès à ses personnels à l’instance GeoNature du CBNA pour réalisation de tests et, suite à sa décision de passer à GeoNature, pour l’aider à installer GeoNature et à y intégrer ses données. Transmission des informations, scripts pour l’installation, la migration des données au développeur du CEN PACA. Mise en place de points d’échanges réguliers pour faire le bilan de l’avancement du travail, répondre aux questions sur des blocages, conseiller sur les solutions les plus adaptées aux problèmes rencontrés lors de l’installation de GeoNature ou de la migration des données.

Action 6 : Information et remontée des propositions de modifications des standards de données au SINP

Présentation du projet SI-ALP au groupe de travail Ginco – GeoNature.

Le CBNA a participé à deux réunions du comité des utilisateurs de Ginco-GeoNature en 2023 (3 février et 6 juin). Ces réunions permettent de s’informer mutuellement des développements en cours ou à venir et d’échanger sur les besoins de chacun.

Transmission du cahier des charges “Relevés floristiques et phytosociologiques” et du document d’analyse de l’implémentation des standards SINP dans GeoNature.

Action 7 : Communication

7.2 Ateliers techniques GeoNature

Rencontres nationales GeoNature

Participation aux rencontres nationales GeoNature qui se sont déroulées les 26 et 27 juin 2024 à Aix-en-Provence : https://geonature.fr/rencontres-2024.html

Le CBNA a réalisé : 

  • Une présentation en plénière sur la fluidification des échanges de données entre producteurs, SINP régional et national / GN2PG en collaboration en la LPO AURA.
  • L’animation de l’atelier  “Performances” en collaboration avec le Parc national des Ecrins. 
  • L’animation de l’atelier “Relevés flore, phytosocio, habitat – quels modules et interactions dans GeoNature ?” au terme duquel il a été décidé de lancer le groupe de travail “Relevés floristiques – relevés phytosociologiques”.
  • 2 posters  :
    • Utilisation de GeoNature dans le cadre du réseau Flore Sentinelle : http://www.cbn-alpin-biblio.fr/GED_CBNA/131364695954/BB_47895.pdf
    • SI-ALP : présentation du projet et zoom sur des thématique de travail  : http://www.cbn-alpin-biblio.fr/GED_CBNA/131365795954/BB_47896.pdf

Deux journées d’échanges fructueux entre utilisateurs de GeoNature ont permis de mettre en évidence la convergence des besoins (suivi, relevés phytosociologiques, validation, etc.) et la nécessité d’une meilleure communication et d’un partage des réalisations.

Le CBNA a tiré un bilan très positif de ces rencontres, marquées par un enthousiasme partagé et la confirmation de besoins communs.

Plusieurs structures (MNHN, LPO France, Parcs Nationaux, Réserves Naturelles, Parcs Naturels Régionaux, etc.) ont manifesté leur intérêt pour les améliorations envisagées dans SI-ALP, afin d’optimiser la gestion des données floristiques.

Ateliers techniques GeoNature (workshop)

En collaboration avec le Parc national des Ecrins, organisation des ateliers techniques GeoNature (workshop) du 2 au 6 juin 2025 à Nyons (Drôme).

18 personnes issues des organismes suivants ont participé à ces ateliers : 

  • Conservatoire botanique national alpin (CBNA)
  • Parc National des Ecrins (PNE)
  • Natural Solutions
  • Parc National des Cévennes (PNC)
  • Réserves Naturelles de France (RNF)
  • PatriNat
  • Makina Corpus
  • Groupe d’étude des invertébrés armoricains (GRETIA)
  • Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO)
  • Indépendant

5 groupes de travail ont permis de travailler sur les thématiques suivantes : 

  • Amélioration de performances de la Synthèse au travers de la base de données,
  • Restructuration de l’API de la Synthèse,
  • Amélioration de l’export de la Synthèse,
  • Frontend,
  • Métrologie.

7.4 à 7.7 Alimentation de Facebook, création d’une page internet et d’affiches,